Насчет правильного включения резисторов. Я уже было засомневался. Для наглядности привожу упрощенные модели в протеусе.
1-й вариант (действующий)Модель.Ток заряда 12.1964А. Падение на полвике 0.16В(что,кстати соответствует реальности) Напряжение непосредственно на клеммах АКБ(источник V1 справа) 12В.(Показания вольтметра справа). МК измеряет напряжение на делителе R2R4. На дисплее будет показываться напряжение 12.1В. То есть, погрешность 0.1В.Ток заряда измеряется путем измерения напряжения между точками соединения резисторов R1R3 и R2R4. Это показывает вольтметр слева.Показания умножаем на 100. Итого-12А

2-й вариант, предложенный tlsr. Те же условия заряда. Напряжение на дисплее будет 13.6В. Погрешность 1.6В.
Показания тока прежние.

Так что, правильным будет 1-й вариант, то есть тот, что на схеме на первой странице.
Что касется входов атмеги. Вообще-то,каждый ее вход внутри имеет диодный ограничитель, защищающий ее от отрицательного напряжения и от превышения напряжения питания. Поэтому, если на ее входы подавать напряжение через токоограничивающие резисторы, то ничего с ней не случится. Вот поэтому она и не горит при переполюсовке. Хотя, можно и стабилитроны поставить.
Если все сделано правильно, а БП свистит... Тут уж придется перемотать выходной дроссель (ДГС) в блоке питания.

Опыт- сын ошибок трудных....