Проверить, есть ли "перемычка" между разъемом питания видеокарты и общей шиной 12В, легко - просто включи комп, не вставив доп. питание в видюху, а потом замерь напругу на разъеме доп. питания на карте. Если 0В, то никакой перемычки нет

. Правда, карта работать тогда не будет (максимум - будет жужжать кулером).
У моей видюхи, походу, питание раздельное. Подозреваю, что "слаботочная" (аналоговая) часть и схема управления кулером берут питание от PCI-E X16. А без доп. питания ПК видеокарту не видит (будто она не вставлена совсем) - выводит видеосигнал на интегрированную (off: я заставлял одновременно работать интегрированную карту и PCI-E!!!

).
А питал я однажды от двух бп так: один питал по 4-пиновому проц (эта шина на мамке с общей не связана), второй всё остальное. Зеленые провода вместе соединял.
И еще вот. Если в разъеме доп. питания видеокарты плохо контачат черные провода (ну, а вообще у них сопротивление ненулевое), то получится земляная петля - ч/з PCI-E пойдет дополнительно по общим проводам ток (не знаю, чем это обернется, но я уже догадываюсь, почему помехи от карты попадают в звук в моем пк). Так что второй бп, если он питает только видеокарту, не надо электрически соединять с корпусом ПК.

Ну а зеленые провода, само собой, как обычно, вместе.