Для своих плат я корректирую DEFAULT под наиболее используемую толщину. Все дорожки веду этой толщиной. Потом что надо тоньше или толще меняю вручную.
По второму вопросу используйте инструмент Global Annotator.
Почему? Рисуй. Я вот так делаю. Экран вообще отдельно, на плате разьем, который участвует в разводке платы. разводиться плата с разьемом а потом туда экран подключается., только в схеме его не рисовать).
ну во первых эту проверку не обязательно проходить. А если уж так пугает - давай линиям разные метки. так и разводить плату удобней - не спутаешь то на какой платеПолучается только если давать одинаковые метки линиям, но протеус потом рисует ratsnest между ними и естественно не проходит проверку на выходе...