На малинкин DMA можешь не смотреть - там реквестов по таймеру не предусмотрено.
Кстати, если у тебя ИН-18, тебе и питать малину желательно бы от часовой платы, наверное, а не наоборот.
Так что остается только в ведре ковыряться модулями, больше вариантов не видно, если ты все же не хочешь периферийный контроллер ставить.
Хотя у отдельного контроллера плюсов масса - и пины свободны, и время малинки, и еще можно на нем же сделать RTC для самой малины (тоже через ведро, но это должно быть уже проще, можно за основу взять существующий драйвер для ds1307). С другой стороны, с таким контроллером задача вообще вырождается в элементарщину, так можно вообще любые часы по I2C к малине подключить и просто сказать, что у тебя часы на малине.


