Попробуйте всё же взглянуть на проблему с точки зрения причины перезагрузки - во время заряда таких больших емкостей возникает просадка напряжения и ЭМИ, надо выяснить какая из этих двух причин вызывает перезагрузку.
Просадка напряжения означает что на другом конце провода, когда подключаешь разряженный конденсатор "горячий" провод понижает свой потенциал, а "холодный" тобишь общий провод наоборот повышает его.
Если у вас источник питания ардуины находится возле трансформтаора и питания на ардуину поступает через один общий провод... сами понимаете, в момент просадки напряжения вы просто перекрываете ей кислород.
Вторая причина - ЭМИ, по проводам течет ток, и он же наводится на соседних с ним - опять же на общем проводе может повысится напряжение. Или этот импульс проступает на вход сброса ардуины с соответствующим эффектом. надо убирать эти контура с большим током или минимизировать их!
Продиагностировать проблему поможет быстрый цифровой осциллограф с ждущей разверткой. настраиваешь его на одиночный запуск и триггер по спаду на уровень немного меньше нормального напряжения, если провал напряжения будет - он тебе запишет этот самый импульс по питанию.










